Pungalá y El Molino eran dos pueblos que se encontraban casi juntos con varias parcialidades como los Collana, Chilpac, Daldal, Cebadas. Según estudios acerca de la confederación de los Puruahes, el nombre de Pungalá proviene de 2 vocablos quichuas:

Pungu = Puerta

Gala = Grandeza, riqueza

Por lo que sería puerta a la riqueza o a la grandeza, haciendo honor a sus tierras fértiles y tratándola como la entrada al Oriente. Existen datos sobre la fundación de Pungalá según la ley de División territorial pág. 34, fue legalmente constituida el 29 de mayo de 1861, sin embargo, en la memoria histórica de algunos pobladores, se manifiesta que Pungalá sería fundada por los españoles, en los mismos años en que se fundó Riobamba (1534).

La imagen de la Virgen de la Peña, ícono religioso y cultural de la parroquia, apareció en una gran piedra a la entrada de la parroquia y fue retocada por el Padre Fray Pedro Bidón y Pineda aproximadamente por el año 1556, al igual que la Virgen de las Lajas al sur de Colombia y la Virgen de la Escalera en el convento de Santo Domingo en la ciudad de Quito. Mientras que la imagen de San Miguel Arcángel, patrono de la parroquia, procede de la Iglesia de la Merced de la antigua Riobamba, destruida en el terremoto del año 1797, enviada a Pungalá, donde existía una congragación católica.